Já perto do fim da 2ª Guerra Mundial, os nazistas tentam eliminar seus inimigos usando magia negra. Uma das experiências feitas é a tentativa de invocar forças ocultas. Um deste rituais é interrompido pelas forças aliadas, que encontram um garoto com aparência de demônio e a mão direita feita de pedra, apesar do ritual não ter sido concluído. O garoto passa a ser chamado de Hellboy e é levado pelos Aliados. Sessenta anos depois, Hellboy agora luta pelo bem e é chamado quando um estranho fenômeno, possivelmente sobrenatural, acontece.